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Material Studio材料计算的工作站配置方案


CBSi中国·ZOL 2011年05月19日 13:05 评论

    Materials Studio一套材料科学的仿真软件, MS是在化学和材料领域,为结构和计算器研究者所设计的专业仿真软件,提供用户流畅的操作接口,并包含完整的运算方法,让使用者容易上手并提供功能强大的仿真能力。

研究者通过MS提供的先进丰富多种算法进行综合分析计算,在性质预测、聚合物建模还是X射线衍射模拟,通过一些简单易学的操作来得到切实可靠的数据。协助科学家解决重要问题,研发世界上最先进的材料。


Material Studio材料计算的工作站配置方案

XASUN当今世界唯一能提供塔式、机架、便携式、特种结构等规格,提供单路、双路、四路、八路最先进架构的高端图形工作站,XASUN紧随世界领先的intel和AMD的计算处理硬件主流技术, NvidiaATI高性能图卡以及一流的硬盘阵列技术,打造出具有超级性能的XASUN图形工作站和服务器,同时充分了解不同行业应用软件的计算特点,灵活方便的配置架构,使应用软件在任何一台支持基于Windows、Linux等主流操作系统的服务器或工作站上最高效率的进行运算,从而最大限度的发挥工作站硬件性能和网络资源。

分子模拟(材料计算)求解过程计算特点分析

 

    主要集中在对CPU内存方面,MS软件支持主流CPU的多核并行计算,在一个架构里,频率越高,核数,计算速度越快,内存方面主要体现在计算的规模上,随着对自然世界的深入了解和分析,分析精度越来越高,计算量也越来越大,对内存的要求也在不断递增,由于求解运算过程中大量时间都在计算中,对显卡的要求自然不高,图卡主要是后期对数据的可视化有些需求,另外MS软件运算特点是将数据一次性放到内存进行密集计算,自然对硬盘外设的读写不是很频繁,传统上SATA接口也足够了,如果内存不够,虚拟内存很大的话,推荐SAS硬盘,当然将来SSD便宜下来,内存和虚拟内存的比例1:2,可以考虑采用SSD硬盘

Material Studio材料计算的工作站配置方案

 

硬件配置关系注意事情:

1.  经过厂家推荐,目前12核不建议使用,8Xeon架构效率更高

2.  CPU—内存关系,  1---对应配置---2G~4G, 8处理器对应内存16GB~32GB.

3.  显卡要求不高,针对不同的计算规模,配置相应档次图卡,满足后期数据可视化需求。

4.  硬盘IO在计算过程中,影响不大,资金充足的话,视多种计算软件, SAS 6Gbps是目前相当不错的选择

   

XASUN图形工作站配置方案

Material Studio材料计算的工作站配置方案

 

MS软件配备丰富的应用功能模块,硬件如何配合好所有软件模块,非一般经验的硬件工程师所能了解的,今天我们对计算规模按原子数量初步划分,大致分三个档次:

 

1.  小规模计算工作站配置方案

定位:原子数不超过100个求解规模

推荐:4核Xeon 3470(2.93G)/16GB/Quadro600/1TB SATA

 

机器型号  XASUN T5 12912-T1AA

主要配置

4核Xeon 2.93/12GB/QadroFX3800/300G SAS

硬件配置明细

 

配件

品牌和型号

数量

CPU

4核Xeon X3470

1

2.93G/8MB/超线程/睿频

芯片组

intel S5520 Chips

1

内存

2G DDR3 1333 Reg ECC

6

显卡

Nvidia Quadro 600 1GB

1

系统盘

1TB SATA企业级

1

光驱

DVD刻录机

1

网卡

千兆以太端口

2

工作站平台

XASUN SSIEC105P7S (700W EPS)

1

显示器

优派23"专业显示器

1

噪音控制系统

静音级(全速计算45分贝以内)

 

硬件性能指标

CPU

运算速度每秒469亿次

GPU

几何三角形处理:2.1亿/秒,支持1*2

 

单屏幕,最高分辨率 2560*1600

 

几何三角形3亿/秒,像素填充率380亿/秒

 

支持32X全景反锯齿(FSAA)

 

支持30位色彩精度

 

 

1GB GDDR3显存

 

硬盘

IO读写带宽100MB/S,IOPS 200次/秒

网络端口

通过汇聚功能,实现2Gbps

硬件升级能力

 

 

CPU

支持Xeon3400全系列

显卡

支持Nvidai Quadro和ATI Firepro 系列

内存槽

6个,单根内存最大4GB,最大容量24GB

硬盘位

4个,单块最大SATA:2TB

PCI扩展

1*PCIE x8,2*PCIE x4,3*PCI-X

操作系统

 

 

支持Windows Server 2003、2008

支持Windows XP、Vista、7

支持Redhat、Suse Linux全系列

应用软件

 

 

基于windows、linux环境下软件全系列

报价

26,800

 

 

2.  中大规模计算高端图形工作站配置方案

应用定位:原子数100~1000个之间求解规模

推荐:8核Xeon X5677(3.46G)/24GB/quadro2000/1TB SAS

如果从软件和硬件的价格对比,买一台配置最高的图形工作站,是最好的发挥软件性能的不二选择。

 

机器型号  XASUN T5 23524-A1AB

参考配置:

硬件配置明细

 

配件

品牌和型号

数量

CPU

4核Xeon X5677

2

3.46G/12MB/6.4GTs/超线程/Turbo

芯片组

intel S5520 Chips

1

内存

4G DDR3 1333 Reg ECC

6

显卡

Nvidia Quadro 2000 1GB

1

系统盘

1TB SAS 6Gbps

1

光驱

DVD刻录机

1

网卡

千兆以太端口

2

工作站平台

XASUN SDA6C105PAS (1000W EPS)

1

显示器

可选

 

噪音控制系统

静音级(全速计算45分贝以内)

 

硬件性能指标

CPU

运算速度每秒1107亿次

GPU

几何三角形处理:4.1亿/秒,

 

最高分辨率 2560*1600

 

192个流处理器, 1GB缓存,64X反锯齿

硬盘

IO读写带宽100MB/S,IOPS 200次/秒

网络端口

通过汇聚功能,实现2Gbps

硬件升级能力

 

 

CPU

支持Xeon5600全系列

显卡

支持Quadro FX全系列,支持双Quadro Plex

内存槽

12个,单根内存最大16GB,最大容量192GB

硬盘位

4个,单块最大SAS:1TB、SATA:2TB

PCI扩展

1*PCIE x8,2*PCIE x4,3*PCI-X

操作系统

 

 

支持Windows Server 2003、2008

支持Windows XP、Vista、7

支持Redhat、Suse Linux全系列

应用软件

 

 

基于windows、linux环境下软件全系列

报价

49,500

 

 

3.  超大规模计算分布式集群服务器解决方案

定位: 原子数1000个以上求解规模

下面的方案主要是基于办公环境的计算应用,Xeon架构的计算机单机性能越来越强大,最新Xeon5600和单核时代的Xeon相比,快15倍以上,所以基于办公环境的小集群(40核以内),放在办公环境,计算性能满足大部分应用,同时也便于维护和使用。

Material Studio材料计算的工作站配置方案

22U高度(4U*5+1U+1U)

 

集群方案:

管理节点配置:8Xeon E56052.13G/8GB/600G SAS+ 4*1TBSATA

计算节点配置:8Xeon E56402.66G/24GB/500G SATA

计算节点数量:4

 

硬件参考配置方案

 

1.  图形管理服务器(管理节点)

Material Studio材料计算的工作站配置方案

机器型号:XASUN R5 22724-T8ARC

主要配置

8核Xeon 2.4/24GB/Qadro4000/600G SAS+8TB阵列

硬件配置明细

 

配件

品牌和型号

数量

CPU

4核Xeon E5620 

2

2.66G/12MB/6.4GTs/超线程/Turbo

芯片组

intel S5500 Chips

1

内存

4G DDR3 1333 Reg ECC

6

显卡

Nvidia Quadro 4000 2GB

1

系统盘

600G SAS 6Gbps

1

超级阵列

1TB SATA企业级

8

 

8port SAS2-RAID

1

光驱

DVD刻录机

1

网卡

千兆以太端口(可选万兆或IB卡)

2

工作站平台

XASUN SA6R416PAS (1000W EPS)

1 

 

2 计算节点

Material Studio材料计算的工作站配置方案

机器型号 XASUN X5600 U22748AD

主要配置

8核Xeon 3.06/48GB/Qadro Fx5800+Gsync/300G SAS

硬件配置明细

 

配件

品牌和型号

数量

CPU

4核Xeon X5667

2

3.06G/12MB/6.4GTs/超线程/Turbo

芯片组

intel S5520 Chips

 

内存

4G DDR3 1333 Reg ECC

6

显卡

集成

1

系统盘

500G SATA 

1

光驱

DVD

1

网卡

千兆以太端口

2

服务器平台

XASUN SA6U416PAS  (1000W EPS)

1

 

3.服务器集群设备汇总表

 

NO

品牌和型号

数量

硬件配置明细

图形服务器集群 

1.1

管理图形存储服务器

1

1.2

计算服务器(计算节点)

4

1.3

8口千兆交换机

1

1.4

8口 KVM切换器

1

1.5

22U机柜

1

可选设备

1.6

IB交换机

1

1.7

IB卡或万兆以太网卡

1

1.8

稳压电源(20KV)

1

1.9

 

 

集群硬件性能指标

CPU指标

浮点运算速度每秒3917亿次

海量存储

IO读写带宽700MB/S,IOPS 400次/秒

网络端口

通过汇聚功能,实现2Gbps

噪音控制系统

静音级(全速计算45分贝以内)

合计

1,800,000

 

 

XASUN图形工作站简介

 XASUN是当今市场唯一能提供塔式、机架、便携、特种服务器、工作站、图形服务器等全方面解决方案的品牌。

 拥有完整、完美、可靠、静音的高性能计算机全套产品系列,为行业用户提供超级强劲性能的计算解决方案专业、高效的定制工作站配置方案。

 

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