Materials Studio是一套材料科学的仿真软件, MS是在化学和材料领域,为结构和计算器研究者所设计的专业仿真软件,提供用户流畅的操作接口,并包含完整的运算方法,让使用者容易上手并提供功能强大的仿真能力。
研究者通过MS提供的先进丰富多种算法进行综合分析计算,在性质预测、聚合物建模还是X射线衍射模拟,通过一些简单易学的操作来得到切实可靠的数据。协助科学家解决重要问题,研发世界上最先进的材料。
分子模拟(材料计算)求解过程计算特点分析
主要集中在对CPU和内存方面,MS软件支持主流CPU的多核并行计算,在一个架构里,频率越高,核数,计算速度越快,内存方面主要体现在计算的规模上,随着对自然世界的深入了解和分析,分析精度越来越高,计算量也越来越大,对内存的要求也在不断递增,由于求解运算过程中大量时间都在计算中,对显卡的要求自然不高,图卡主要是后期对数据的可视化有些需求,另外MS软件运算特点是将数据一次性放到内存进行密集计算,自然对硬盘外设的读写不是很频繁,传统上SATA接口也足够了,如果内存不够,虚拟内存很大的话,推荐SAS硬盘,当然将来SSD便宜下来,内存和虚拟内存的比例1:2,可以考虑采用SSD硬盘
硬件配置关系注意事情:
1. 经过厂家推荐,目前12核不建议使用,8核Xeon架构效率更高
2. CPU—内存关系, 1核---对应配置---2G~4G, 8核处理器对应内存16GB~32GB.
3. 显卡要求不高,针对不同的计算规模,配置相应档次图卡,满足后期数据可视化需求。
4. 硬盘IO在计算过程中,影响不大,资金充足的话,视多种计算软件, SAS 6Gbps是目前相当不错的选择
XASUN图形工作站配置方案
MS软件配备丰富的应用功能模块,硬件如何配合好所有软件模块,非一般经验的硬件工程师所能了解的,今天我们对计算规模按原子数量初步划分,大致分三个档次:
1. 小规模计算工作站配置方案
定位:原子数不超过100个求解规模
推荐:4核Xeon 3470(2.93G)/16GB/Quadro600/1TB SATA
机器型号 XASUN T5 12912-T1AA
主要配置 |
4核Xeon 2.93/12GB/QadroFX3800/300G SAS | |
硬件配置明细 |
| |
配件 |
品牌和型号 |
数量 |
CPU |
4核Xeon X3470 |
1 |
2.93G/8MB/超线程/睿频 | ||
芯片组 |
intel S5520 Chips |
1 |
内存 |
2G DDR3 1333 Reg ECC |
6 |
显卡 |
Nvidia Quadro 600 1GB |
1 |
系统盘 |
1TB SATA企业级 |
1 |
DVD刻录机 |
1 | |
千兆以太端口 |
2 | |
工作站平台 |
XASUN SSIEC105P7S (700W EPS) |
1 |
优派23"专业显示器 |
1 | |
噪音控制系统 |
静音级(全速计算45分贝以内) |
|
硬件性能指标 | ||
CPU |
运算速度每秒469亿次 | |
GPU |
几何三角形处理:2.1亿/秒,支持1*2 | |
|
单屏幕,最高分辨率 2560*1600 | |
|
几何三角形3亿/秒,像素填充率380亿/秒 | |
|
支持32X全景反锯齿(FSAA) | |
|
支持30位色彩精度 |
|
|
1GB GDDR3显存 |
|
硬盘 |
IO读写带宽100MB/S,IOPS 200次/秒 | |
网络端口 |
通过汇聚功能,实现2Gbps | |
硬件升级能力 |
|
|
CPU |
支持Xeon3400全系列 | |
显卡 |
支持Nvidai Quadro和ATI Firepro 系列 | |
内存槽 |
6个,单根内存最大4GB,最大容量24GB | |
硬盘位 |
4个,单块最大SATA:2TB | |
PCI扩展 |
1*PCIE x8,2*PCIE x4,3*PCI-X | |
操作系统 |
|
|
支持Windows Server 2003、2008 | ||
支持Windows XP、Vista、7 | ||
支持Redhat、Suse Linux全系列 | ||
应用软件 |
|
|
基于windows、linux环境下软件全系列 | ||
报价 |
¥26,800元 |
2. 中大规模计算高端图形工作站配置方案
应用定位:原子数100~1000个之间求解规模
推荐:8核Xeon X5677(3.46G)/24GB/quadro2000/1TB SAS
如果从软件和硬件的价格对比,买一台配置最高的图形工作站,是最好的发挥软件性能的不二选择。
机器型号 XASUN T5 23524-A1AB
参考配置:
硬件配置明细 |
| |
配件 |
品牌和型号 |
数量 |
CPU |
4核Xeon X5677 |
2 |
3.46G/12MB/6.4GTs/超线程/Turbo | ||
芯片组 |
intel S5520 Chips |
1 |
内存 |
4G DDR3 1333 Reg ECC |
6 |
显卡 |
Nvidia Quadro 2000 1GB |
1 |
系统盘 |
1TB SAS 6Gbps |
1 |
光驱 |
DVD刻录机 |
1 |
网卡 |
千兆以太端口 |
2 |
工作站平台 |
XASUN SDA6C105PAS (1000W EPS) |
1 |
显示器 |
可选 |
|
噪音控制系统 |
静音级(全速计算45分贝以内) |
|
硬件性能指标 | ||
CPU |
运算速度每秒1107亿次 | |
GPU |
几何三角形处理:4.1亿/秒, | |
|
最高分辨率 2560*1600 | |
|
192个流处理器, 1GB缓存,64X反锯齿 | |
硬盘 |
IO读写带宽100MB/S,IOPS 200次/秒 | |
网络端口 |
通过汇聚功能,实现2Gbps | |
硬件升级能力 |
|
|
CPU |
支持Xeon5600全系列 | |
显卡 |
支持Quadro FX全系列,支持双Quadro Plex | |
内存槽 |
12个,单根内存最大16GB,最大容量192GB | |
硬盘位 |
4个,单块最大SAS:1TB、SATA:2TB | |
PCI扩展 |
1*PCIE x8,2*PCIE x4,3*PCI-X | |
操作系统 |
|
|
支持Windows Server 2003、2008 | ||
支持Windows XP、Vista、7 | ||
支持Redhat、Suse Linux全系列 | ||
应用软件 |
|
|
基于windows、linux环境下软件全系列 | ||
报价 |
¥49,500元 |
3. 超大规模计算分布式集群服务器解决方案
定位: 原子数1000个以上求解规模
下面的方案主要是基于办公环境的计算应用,Xeon架构的计算机单机性能越来越强大,最新Xeon5600和单核时代的Xeon相比,快15倍以上,所以基于办公环境的小集群(40核以内),放在办公环境,计算性能满足大部分应用,同时也便于维护和使用。
集群方案:
管理节点配置:8核Xeon E5605(2.13G)/8GB/600G SAS+ 4*1TBSATA
计算节点配置:8核Xeon E5640(2.66G)/24GB/500G SATA
计算节点数量:4个
硬件参考配置方案
1. 图形管理服务器(管理节点)
主要配置 |
8核Xeon 2.4/24GB/Qadro4000/600G SAS+8TB阵列 | |
硬件配置明细 |
| |
配件 |
品牌和型号 |
数量 |
CPU |
4核Xeon E5620 |
2 |
2.66G/12MB/6.4GTs/超线程/Turbo | ||
芯片组 |
intel S5500 Chips |
1 |
内存 |
4G DDR3 1333 Reg ECC |
6 |
显卡 |
Nvidia Quadro 4000 2GB |
1 |
系统盘 |
600G SAS 6Gbps |
1 |
超级阵列 |
1TB SATA企业级 |
8 |
|
8port SAS2-RAID |
1 |
光驱 |
DVD刻录机 |
1 |
网卡 |
千兆以太端口(可选万兆或IB卡) |
2 |
工作站平台 |
XASUN SA6R416PAS (1000W EPS) |
1 |
2 计算节点
主要配置 |
8核Xeon 3.06/48GB/Qadro Fx5800+Gsync/300G SAS | |
硬件配置明细 |
| |
配件 |
品牌和型号 |
数量 |
CPU |
4核Xeon X5667 |
2 |
3.06G/12MB/6.4GTs/超线程/Turbo | ||
芯片组 |
intel S5520 Chips |
|
内存 |
4G DDR3 1333 Reg ECC |
6 |
显卡 |
集成 |
1 |
系统盘 |
500G SATA |
1 |
光驱 |
DVD |
1 |
网卡 |
千兆以太端口 |
2 |
服务器平台 |
XASUN SA6U416PAS (1000W EPS) |
1 |
3.服务器集群设备汇总表
NO |
品牌和型号 |
数量 | |
硬件配置明细 | |||
图形服务器集群 | |||
1.1 |
管理图形存储服务器 |
1 | |
1.2 |
计算服务器(计算节点) |
4 | |
1.3 |
8口千兆交换机 |
1 | |
1.4 |
8口 KVM切换器 |
1 | |
1.5 |
22U机柜 |
1 | |
可选设备 | |||
1.6 |
IB交换机 |
1 | |
1.7 |
IB卡或万兆以太网卡 |
1 | |
1.8 |
稳压电源(20KV) |
1 | |
1.9 |
|
| |
集群硬件性能指标 | |||
CPU指标 |
浮点运算速度每秒3917亿次 | ||
海量存储 |
IO读写带宽700MB/S,IOPS 400次/秒 | ||
网络端口 |
通过汇聚功能,实现2Gbps | ||
噪音控制系统 |
静音级(全速计算45分贝以内) | ||
合计 |
¥1,800,000元 | ||
XASUN图形工作站简介
XASUN是当今市场唯一能提供塔式、机架、便携、特种服务器、工作站、图形服务器等全方面解决方案的品牌。
拥有完整、完美、可靠、静音的高性能计算机全套产品系列,为行业用户提供超级强劲性能的计算解决方案专业、高效的定制工作站配置方案。
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