苹果iPhone 5S的最大创新点在于“Touch ID”，即指纹识别技术的应用。不过前Google安全大师则认为iPhone 5S的指纹或存在安全隐患。对此苹果回应表示，Touch ID很安全。
苹果称：Touch ID很安全（图片来自cnbeta）
苹果向《华尔街日报》表示，iPhone 5S的Touch ID只用来识别用户的指纹存储数据，而不是实际的图像，同时这些数据经过加密后被存放在A7处理器中。这也意味着，就算有人破解了iPhone 5S的处理器，也没有办法拿到用户的指纹信息。
前Google安全大师，安全领域的专家Shuman Ghosemajumder表示，指纹识别在本地存储指纹照片方面，其存储位置必须非常安全，当iOS 7被越狱之后iPhone 5S的指纹识别安全性是否会降低，届时将会得到这些答案”。
同时，苹果也表示，凡是使用Touch ID的用户，还需要创建一个密码备用。如果手机重起或者48小时内未解锁，手机到时将仅支持密码解锁，指纹则无法解锁手机，这样可以阻止黑客绕开指纹扫描仪进入手机。
此外，苹果还指出，当用户的手指沾有液体或者受伤的情况下，Touch ID很可能会难以识别。
